外观、内饰、配置均有所提升，动力方面自然也不能落后，2006年推出的QQ3依然有0.8L与1.1L两个排量的发动机可供选择，其中0.8L排量的车型依旧沿用了直列三缸发动机，最大输出功率52马力，而1.1L排量的车型则全面换装了奇瑞自主研发的SQR472F高效发动机，最大输出功率提升至68马力，最大扭矩为90N·m，除去5速手动变速箱，这次推出的0.8L排量的QQ3车型还提供了搭载自动变速箱的版本。
“配置增加、售价不变”的QQ3在推出后依旧延续了强劲的势头，销量始终稳定在每月1万台左右，仅在2007年1-5月期间，QQ3销量便接近6万台，夺得国内微型车销售冠军宝座，并获得了“中国小车王”的殊荣。
2007年9月，奇瑞再次发力，推出了改款的QQ3车型，厂商宣称这次推出的QQ3相较老款进行了多达11处的技术升级，其中最受瞩目的便是仪表盘由此前比较平庸的指针仪表变为更加时尚的数字仪表，并在1.1L排量的高配车型中配备了倒车雷达。
而增加USB接口、缩短手刹行程、增加行车电脑的显示信息以及大面积使用的5挡AMT变速箱也让这台小车的“内涵”变得丰富起来。
与第一次改款相比，QQ3的第二次改款来得则晚了一些，从2007年9月至2010年10月，经过3年的历练，奇瑞于2010年10月11日正式推出了第二次改款的QQ3车型，此次推出的车型分别为0.8L冠军版、领航版以及1.0L领航版，经过整合后共有2个排量的8款车型。
